RUTRNQNY

2243

20 novembre 2020 17:51

20 novembre 2020 17:51

Les pommes sont parmi les fruits les plus consommés dans le monde. Ils représentent une source d'exposition humaine directe aux communautés bactériennes, qui est moins étudiée. Nous avons analysé le microbiome de la pomme pour détecter les différences entre les tissus et l'impact de la gestion organique et conventionnelle par une approche combinée de l'analyse d'amplicon du gène ARNr 16S et de la qPCR, et de la visualisation par hybridation in situ par fluorescence et microscopie confocale à balayage laser (FISH-CLSM). Chaque pomme abrite différents tissus (tige, écorce, pulpe du fruit, graines et calice), qui ont été colonisés par des communautés bactériennes distinctes. Fait intéressant, la pulpe et les graines des fruits étaient des points chauds bactériens, tandis que la peau était moins colonisée. En tout, env. 108 nombres de copies du gène bactérien de l'ARNr 16S ont été déterminés dans chaque pomme g. Les abondances n'ont pas été influencées par la pratique de gestion, mais nous avons constaté une forte réduction de la diversité bactérienne et de l'uniformité des pommes gérées de manière conventionnelle. De plus, malgré la structure similaire en général dominée par les Protéobactéries (80%), les Bactéroïdes (9%), les Actinobactéries (5%) et les Firmicutes (3%), des changements significatifs de près de 40% des genres et ordres bactériens ont été surveillés. Parmi eux, en particulier les signatures bactériennes connues pour leur potentiel affectant la santé se sont révélées améliorées dans les pommes gérées de manière conventionnelle. Nos résultats suggèrent que nous consommons environ 114 millions de bactéries avec une pomme. Bien que cette quantité soit la même, la composition bactérienne était significativement différente dans les pommes produites de manière conventionnelle et biologique.

Apples are among the most consumed fruits world-wide. They represent a source of direct human exposure to bacterial communities, which is less studied. We analyzed the apple microbiome to detect differences between tissues and the impact of organic and conventional management by a combined approach of 16S rRNA gene amplicon analysis and qPCR, and visualization using fluorescence in situ hybridization and confocal laser scanning microscopy (FISH-CLSM). Each apple fruit harbors different tissues (stem, peel, fruit pulp, seeds and calyx), which were colonized by distinct bacterial communities. Interestingly, fruit pulp and seeds were bacterial hot spots, while the peel was less colonized. In all, approx. 108 16S rRNA bacterial gene copy numbers were determined in each g apple. Abundances were not influenced by the management practice but we found a strong reduction in bacterial diversity and evenness in conventionally managed apples. In addition, despite the similar structure in general dominated by Proteobacteria (80%), Bacteroidetes (9%), Actinobacteria (5%) and Firmicutes (3%), significant shifts of almost 40% of bacterial genera and orders were monitored. Among them, especially bacterial signatures known for health-affecting potential were found to be enhanced in conventionally managed apples. Our results suggest that we consume about 114 million bacteria with one apple. Although this amount was the same, the bacterial composition was significantly different in conventionally and organically produced apples.

None

• AB - Modalité bio
• FREDO alimentation humaine
• FREDO qualité des produits
• comparaison
• pomme

• carposphere
• edible microbiome
• malus domestica
• management practice
• microbiota (microorganism)
• one health concept
• plant protection

Frontiers in Microbiology

10

2019

1 janvier 2019

10.3389/fmicb.2019.01629 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique

1664-302X L’ISSN est un code de 8 chiffres servant à identifier les journaux, revues, magazines, périodiques de toute nature et sur tous supports, papier comme électronique.