REL658DX

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28 octobre 2020 12:23

2 novembre 2020 21:14

Les espèces de Pseudomonas sont métaboliquement robustes, avec la capacité de produire des métabolites secondaires, y compris des lipopeptides cycliques (CLP). Ici, nous avons effectué une analyse chimique d'un extrait de CLP brut de la souche de lutte biologique dérivée de la rhizosphère de cocoyam Pseudomonas sp. COW3. Nous avons réalisé des analyses in silico sur l'ensemble de son génome et réalisé un test antagoniste in vitro en utilisant la souche et des CLP purifiés. Par LC-MS et RMN, nous avons élucidé les structures de quatre nouveaux membres du groupe des bananamides, appelés bananamides D-G. Outre la variabilité de la longueur des acides gras, les bananamides D-G diffèrent des bananamides A-C et MD-0066 précédemment décrits par la présence d'une sérine et d'un acide aspartique en position 6 et 2, respectivement. De plus, le bananamide G a de la valine au lieu de l'isoleucine en position 8. Le défaut de masse de Kendrick (KMD) a permis l'attribution de formules moléculaires aux bananamides D et E. Nous avons démêlé un cluster de peptide synthétase non ribosomique banA, banB et banC qui code le roman dérivés de bananamide. En outre, COW3 a montré une activité antagoniste et une mycophagie contre Pythium myriotylum, alors qu'il a principalement montré une mycophagie sur Pyricularia oryzae. Les bananamides purifiés D-G ont inhibé la croissance de P. myriotylum et P. oryzae et ont provoqué une distorsion de l'hypale. Notre étude montre la complémentarité des analyses chimiques et de l'extraction du génome dans la découverte et l'élucidation de nouveaux CLP. De plus, les bananamides structurellement diversifiés diffèrent par leur activité antimicrobienne.

Pseudomonas species are metabolically robust, with capacity to produce secondary metabolites including cyclic lipopeptides (CLPs). Herein we conducted a chemical analysis of a crude CLP extract from the cocoyam rhizosphere-derived biocontrol strain Pseudomonas sp. COW3. We performed in silico analyses on its whole genome, and conducted in vitro antagonistic assay using the strain and purified CLPs. Via LC-MS and NMR, we elucidated the structures of four novel members of the bananamide group, named bananamides D-G. Besides variability in fatty acid length, bananamides D-G differ from previously described bananamides A-C and MD-0066 by the presence of a serine and aspartic acid at position 6 and 2, respectively. In addition, bananamide G has valine instead of isoleucine at position 8. Kendrick mass defect (KMD) allowed the assignment of molecular formulae to bananamides D and E. We unraveled a non-ribosomal peptide synthetase cluster banA, banB and banC which encodes the novel bananamide derivatives. Furthermore, COW3 displayed antagonistic activity and mycophagy against Pythium myriotylum, while it mainly showed mycophagy on Pyricularia oryzae. Purified bananamides D-G inhibited the growth of P. myriotylum and P. oryzae and caused hyphal distortion. Our study shows the complementarity of chemical analyses and genome mining in the discovery and elucidation of novel CLPs. In addition, structurally diverse bananamides differ in their antimicrobial activity.

None

• AB - Utile à l'AB
• FREDO lutte
• magnaporthe oryzae
• SPECIES Pseudomonas koreensis group

• kendrick mass defect
• NMR spectroscopy
• extensive branching
• hyphal leakage
• in silico analysis
• mycophagy
• non-ribosomal peptide synthetases (NRPS)
• vacuolization

Molecules

24

4170

2019/1

24 janvier 2019

10.3390/molecules24224170 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique