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20 novembre 2020 17:08

20 novembre 2020 17:08

Les microbiomes du sol jouent un rôle essentiel dans les systèmes de production agricole. La compréhension de la structure complexe de la communauté microbienne et des réponses aux systèmes de culture conventionnels par rapport aux systèmes de culture biologique est cruciale pour une production durable et la santé des écosystèmes. Cette étude a examiné les réponses de la structure des communautés microbiennes du sol sur la base d'une expérience de terrain de quatre ans. Les communautés bactériennes caractérisant les systèmes de culture conventionnels et biologiques ont été évaluées à l'aide du séquençage à haut débit Illumina MiSeq ciblant la région variable V4-V5 du gène de l'ARNr 16S. La structure de la communauté bactérienne du sol a montré une distribution dépendante du système de culture, avec des taxons cycliques de l'azote (Bacillus, Niastella, Kribbella et Beijerinckia) dominants dans les systèmes de culture conventionnels, tandis que les taxons cyclables du carbone (Dokdonella, Caulobacter, Mathylibium, Pedobacter, Cellulomonas et Chthoniobacter et Sorangium) étaient abondants dans les systèmes de culture biologique. La prédiction fonctionnelle des biomes bactériens a montré que les systèmes de culture conventionnels abritaient une communauté adaptée aux environnements limités en carbone, avec des systèmes de culture organique dominés par ceux impliqués dans la dégradation de composés organiques complexes. Ces résultats suggèrent l'existence de communautés spécifiques de niche et une spécialisation fonctionnelle entre les systèmes de culture avec une utilisation potentielle dans la gestion des sols grâce à la promotion sélective d'organismes bénéfiques pour la santé des sols.

Soil microbiomes play an integral role in agricultural production systems. Understanding of the complex microbial community structure and responses to conventional compared to organic cropping systems is crucial for sustainable production and ecosystems health. This study investigated soil microbial community structure responses based on a four year long field experiment. Bacterial communities characterizing conventional and organic cropping systems were evaluated using Illumina MiSeq high-throughput sequencing targeting the V4-V5 variable region of the 16S rRNA gene. Soil bacterial community structure showed a cropping system dependant distribution, with nitrogen cycling taxa (Bacillus, Niastella, Kribbella, and Beijerinckia) dominant in conventional cropping systems, while carbon cycling taxa (Dokdonella, Caulobacter, Mathylibium, Pedobacter, Cellulomonas and Chthoniobacter and Sorangium) were abundant in organic cropping systems. Functional prediction of the bacterial biomes showed conventional cropping systems to harbour a community adapted to carbon-limited environments, with organic cropping systems dominated by those involved in the degradation of complex organic compounds. These findings suggest the existence of niche specific communities and functional specialization between cropping systems with potential use in soil management through selective promotion of organisms beneficial to soil health.

None

• AB - Modalité bio
• FREDO biologie et travail du sol
• bacterial communities
• comparaison
• soil health

• functional potential
• niche specific community

Applied Soil Ecology

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103734

January 1, 2021

1 janvier 2021

10.1016/j.apsoil.2020.103734 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique

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