LXY9JGZF

2717

28 octobre 2020 12:23

2 novembre 2020 18:44

Le microbiote du sol joue un rôle clé dans la suppression des agents pathogènes des plantes transmis par le sol, améliorant ainsi la suppression naturelle du sol. La perturbation du microbiome déclenche des perturbations spécifiques pour changer et façonner le réseau des communautés microbiennes du sol pour augmenter la suppression contre les phytopathogènes et les maladies connexes. Des objectifs très importants ont été atteints dans la manipulation du microbiote du sol grâce à des pratiques agronomiques basées sur la pré-fumigation du sol, l'amendement organique, la rotation des cultures et les cultures associées. Néanmoins, pour limiter les incohérences, les inconvénients et les échecs liés à la perturbation du microbiote du sol, une compréhension détaillée des déplacements du microbiome lors de sa manipulation est nécessaire à la lumière des stratégies assistées par le microbiome. Le séquençage de nouvelle génération offre souvent un meilleur aperçu des communautés microbiennes du sol lors de la manipulation des microbiomes, mais parfois il ne fournit pas d'informations relatives à la résolution taxonomique la plus élevée des communautés microbiennes du sol. Ce travail d'examen rend compte et discute des résultats les plus fiables en ce qui concerne une compréhension globale du microbiote du sol et comment sa manipulation peut améliorer la suppression des maladies transmises par le sol dans les systèmes d'agriculture biologique. Le rôle et la fonctionnalité du microbiote du sol dans la suppression des agents pathogènes du sol affectant les cultures ont été essentiellement décrits dans la première section de l'article. La caractérisation du réseau de microbiomes du sol par séquençage à haut débit a été introduite dans la deuxième section. Certaines découvertes pertinentes par lesquelles la manipulation du microbiote du sol peut aborder la conception de nouveaux systèmes de culture durables pour soutenir la santé des cultures sans utilisation (ou utilisation réduite) de fongicides et fumigants synthétiques ont été largement présentées et discutées dans les troisième et quatrième sections, respectivement, sous à la lumière des nouvelles stratégies assistées par le microbiome. Des comparaisons critiques sur le séquençage de nouvelle génération ont été fournies dans la cinquième section. Des remarques finales ont été formulées dans la dernière section.

Soil microbiota plays a key role in suppressing soil-borne plant pathogens improving the natural soil suppressiveness. Microbiome disturbance triggers specific perturbation to change and shape the soil microbial communities’ network for increasing suppression against phytopathogens and related diseases. Very important goals have been reached in manipulation of soil microbiota through agronomical practices based on soil pre-fumigation, organic amendment, crop rotation and intercropping. Nevertheless, to limit inconsistencies, drawbacks and failures related to soil microbiota disturbance, a detailed understanding of the microbiome shifts during its manipulation is needed under the light of the microbiome-assisted strategies. Next-generation sequencing often offers a better overview of the soil microbial communities during microbiomes manipulation, but sometime it does not provide information related to the highest taxonomic resolution of the soil microbial communities. This review work reports and discusses the most reliable findings in relation to a comprehensive understanding of soil microbiota and how its manipulation can improve suppression against soil-borne diseases in organic farming systems. Role and functionality of the soil microbiota in suppressing soil-borne pathogens affecting crops have been basically described in the first section of the paper. Characterization of the soil microbiomes network by high-throughput sequencing has been introduced in the second section. Some relevant findings by which soil microbiota manipulation can address the design of novel sustainable cropping systems to sustain crops’ health without use (or reduced use) of synthetic fungicides and fumigants have been extensively presented and discussed in the third and fourth sections, respectively, under the light of the new microbiome-assisted strategies. Critical comparisons on the next-generation sequencing have been provided in the fifth section. Concluding remarks have been drawn in the last section.

None

• AB - Spécifique
• FREDO biologie et travail du sol
• FREDO lutte
• FREDO santé végétale
• agronomical practice
• amplicon sequencing
• biocontrôle
• horticulture
• illumina
• soil microbiome disturbance

Chemical and Biological Technologies in Agriculture

7

17

September 11, 2020

11 septembre 2020

10.1186/s40538-020-00183-7 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique

2196-5641 L’ISSN est un code de 8 chiffres servant à identifier les journaux, revues, magazines, périodiques de toute nature et sur tous supports, papier comme électronique.