LU2GY837

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22 décembre 2020 19:30

22 décembre 2020 19:30

La lavande fine (Lavandula angustifolia) et le lavandin (Lavandula x intermedia) sont des espèces emblématiques de la France et présentent un fort intérêt économique. Grâce à la réduction des coûts des technologies de séquençage et au développement d’outils de bio-informatique adaptés, l’iteipmai, avec l’aide de ses partenaires (INRAE, CRIEPPAM et CNPMAI), a pu mettre en place un projet de développement d’outils moléculaires sur la lavande et le lavandin afin d’améliorer l’efficacité des programmes de sélection. Ainsi, le projet GenoParfum a été mis en place pour créer des ressources génomiques nécessaires au développement de ces nouvelles stratégies en utilisant les dernières technologies de séquençage haut débit. Cet objectif général se décline en trois axes : (i) développer un catalogue de gènes de référence de lavande, (ii) identifier du polymorphisme de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour la lavande et le lavandin et (iii) tester la validité de ce polymorphisme dans le cadre d’une analyse de diversité génétique (variétés clonales et populations naturelles de lavande). Cet article présente les travaux conduits dans l’axe 3 (les résultats des axes 1 et 2 sont présentés dans un article associé : Fopa Fomeju et al., 2018). Une approche de séquençage en mélange a été utilisée pour étudier le polymorphisme de type SNP dans 21 populations naturelles issues de 6 régions géographiques du sud-est de la France et nordouest de l’Italie. Ces populations ont été prélevées à des altitudes allant de 200m à 1500m. A ces populations, 3 variétés populations sélectionnées (Rapido, Carla et Saralia) ont été ajoutées. Les résultats ont indiqué une structuration de la diversité génétique selon l’origine géographique des populations et non selon l’altitude dans le panel étudié. Le taux de polymorphisme dans les populations améliorées était similaire à celui observé dans les populations naturelles. Cette approche a également permis de mettre en évidence la pertinence des outils moléculaires pour la gestion des ressources génétiques. Les résultats obtenus seront exploités pour la constitution d’une core-collection pour amorcer des études de génétique d’association et pour identifier des marqueurs associés à des traits agronomiques d’intérêt pour la lavande et le lavandin.

Fine lavender (Lavandula angustifolia) and lavandin (Lavandula x intermedia) are species emblematic of France and are of strong economic interest. Through cost reduction sequencing technologies and the development of suitable bioinformatics tools, iteipmai, with the help of its partners (INRAE, CRIEPPAM and CNPMAI), was able to set up a development of molecular tools on lavender and lavandin to improve the effectiveness of breeding programs. Thus, the GenoParfum project was set up to create resources genomics necessary for the development of these new strategies using the latest high throughput sequencing technologies. This general objective is broken down into three axes: (i) develop a catalog of reference genes of lavender, (ii) identify SNP (Single Nucleotide Polymorphism) type polymorphism for lavender and lavandin and (iii) test the validity of this polymorphism in the context of a diversity analysis genetics (clonal varieties and natural populations of lavender). This article presents the work conducted in axis 3 (the results of axes 1 and 2 are presented in an associated article: Fopa Fomeju et al., 2018). A mixed sequencing approach was used to study SNP-like polymorphism in 21 natural populations from 6 geographic regions of south-eastern France and north-western Italy. These populations were collected at altitudes ranging from 200m to 1500m. To these populations, 3 selected populations varieties (Rapido, Carla and Saralia) have been added. The results indicated a structuring of genetic diversity according to the geographic origin of populations and not by altitude in the panel studied. The rate of polymorphism in populations improved was similar to that observed in natural populations. This approach also allowed to highlight the relevance of molecular tools for resource management genetics. The results obtained will be used for the constitution of a core-collection to initiate genetic association studies and to identify markers associated with agronomic traits of interest in lavender and lavandin.

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2020

1 janvier 2020

10.15454/1VVD-SD23 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique