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8 janvier 2021 17:06

8 janvier 2021 17:06

La culture européenne de pomme est basée sur un petit nombre de variétés dites élites. Ces variétés deviennent de plus en plus vulnérables dans le contexte actuel de changement climatique car elles présentent peu de diversité et une base génétique étroite. Le transfert d’allèles à partir des ressources génétiques vers le matériel élite par la sélection génomique pourrait permettre de résoudre ce problème. Cette étude vise à évaluer la précision de la prédiction génomique du matériel élite et des ressources génétiques. Nous disposons de données génotypiques à haute densité (303239 SNPs) pour des individus représentant du matériel élite et des ressources génétiques en effectifs variant de 847 à 1025. La caractérisation des deux populations par les données génotypiques a montré une différentiation très faible (Fst = 0,004) entre le matériel élite et les ressources génétiques. Par contre des différences de fréquence d’allèles minoritaires ont été observées sur tout le long du génome entre les deux populations. Le matériel élite présente une faible structuration en familles à la différence des ressources génétiques qui ne montrent aucune structuration. Le modèle GBLUP et l'approche de validation croisée ont été appliqués pour estimer la précision de prédiction du modèle pour sept caractères phénotypiques évalués dans les deux populations. L’amplitude de variation de toutes les précisions calculées va de 0,23 à 0,82. Les précisions de prédiction étaient plus élevées pour le matériel élite que pour les ressources génétiques sur trois caractères, avec un écart variant entre 0,1 et 0,18, et plus élevées pour les ressources génétiques que pour le matériel élite pour deux caractères, avec un écart de 0,09 à 0,18. Les deux caractères restant ont obtenu des précisions presque similaires sur les deux populations. Les faibles précisions de prédiction obtenues sur cinq des sept caractères indiquent la nécessité d’améliorer la précision de prédiction en augmentant le nombre d’individus.

European apple cultivation is based on a small number of so-called elite varieties. These varieties are becoming more and more vulnerable in the current context of climate change because they have little diversity and a narrow genetic base. The transfer of alleles from genetic resources to elite material through genomic selection could solve this problem. This study aims to assess the accuracy of genomic prediction of elite material and genetic resources. We have high density genotypic data (303239 SNPs) for individuals representing elite material and genetic resources in numbers ranging from 847 to 1025. The characterization of the two populations by the genotypic data showed a very weak differentiation (Fst = 0.004 ) between elite material and genetic resources. On the other hand, differences in the frequency of minority alleles were observed throughout the genome between the two populations. Elite material has a weak structuring into families unlike genetic resources which show no structuring. The GBLUP model and the cross-validation approach were applied to estimate the model's prediction accuracy for seven phenotypic traits evaluated in the two populations. The amplitude of variation of all calculated accuracies ranges from 0.23 to 0.82. Prediction accuracies were higher for elite material than for genetic resources on three traits, with a range varying between 0.1 and 0.18, and higher for genetic resources than for elite material for two traits, with a difference of 0.09 to 0.18. The two remaining characters obtained almost similar precision on the two populations. The poor prediction accuracy obtained on five of the seven characters indicates the need to improve prediction accuracy by increasing the number of individuals.

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2020/09/17

17 septembre 2020