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28 octobre 2020 12:22

30 octobre 2020 13:55

Le microbiome du sol et les relations multi-trophiques sont essentiels pour la stabilité et le fonctionnement des agroécosystèmes. Cependant, on sait peu de choses sur la manière dont les systèmes agricoles et les méthodes alternatives de contrôle des agents pathogènes des plantes modulent les communautés microbiennes, la mésofaune du sol et la productivité des plantes. Dans cette étude, nous avons évalué la composition des groupes microbiens eucaryotes à l'aide d'une approche de séquençage à haut débit (marqueur du gène ARNr 18S), les populations de nématodes parasites et libres, la productivité des plantes et leurs interrelations dans les systèmes conventionnels et biologiques à long terme. systèmes agricoles. La diversité de la communauté fongique s'est accrue dans le système d'agriculture biologique par rapport au système agricole conventionnel, alors que la diversité de la communauté protiste était similaire entre les deux systèmes agricoles. Par rapport à l'agriculture conventionnelle, l'agriculture biologique a augmenté la population de nématodes libres et supprimé les nématodes parasites des plantes appartenant aux Meloidogynidae et Pratylenchidae. La diversité fongique et la structure de la communauté semblaient être liées à la suppression des nématodes dans le système recevant des engrais organiques, qui était caractérisée par des groupes microbiens constituants connus pour être impliqués dans la suppression des agents pathogènes du sol. Démêler le microbiome et les interactions multi-trophiques dans différents systèmes agricoles peut permettre la gestion de l'environnement pédologique vers un contrôle plus durable des pathogènes des plantes.

Soil microbiome and multi-trophic relationships are essential for the stability and functioning of agroecosystems. However, little is known about how farming systems and alternative methods for controlling plant pathogens modulate microbial communities, soil mesofauna and plant productivity. In this study, we assessed the composition of eukaryotic microbial groups using a high-throughput sequencing approach (18S rRNA gene marker), the populations of parasitic and free-living nematodes, plant productivity and their inter-relationships in long-term conventional and organic farming systems. The diversity of the fungal community increased in the organic farming system compared to the conventional farming system, whereas the diversity of the protist community was similar between the two farming systems. Compared to conventional farming, organic farming increased the population of free-living nematodes and suppressed plant parasitic nematodes belonging to Meloidogynidae and Pratylenchidae. Fungal diversity and community structure appeared to be related to nematode suppression in the system receiving organic fertilizer, which was characterized by component microbial groups known to be involved in the suppression of soil pathogens. Unraveling the microbiome and multi-trophic interactions in different farming systems may permit the management of the soil environment toward more sustainable control of plant pathogens.

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• AB - Modalité bio
• FREDO biologie et travail du sol
• FREDO durabilité
• FREDO environnement
• fungi
• soil health
• soil web
• sustainability

• nematode
• protist community

The Science of the Total Environment

646

480-490

Jan 01, 2019

1 janvier 2019

10.1016/j.scitotenv.2018.07.323 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique

1879-1026 L’ISSN est un code de 8 chiffres servant à identifier les journaux, revues, magazines, périodiques de toute nature et sur tous supports, papier comme électronique.