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20 novembre 2020 17:51

20 novembre 2020 17:51

L'agriculture biologique en serre est un système innovant qui peut maintenir un agroécosystème sain et à haut rendement. Il n'y a pas eu d'études rigoureuses sur la comparaison de la communauté bactérienne totale et du cycle de l'azote dans les sols végétaux entre la gestion de l'agriculture biologique et conventionnelle à grande échelle. Une étude de la communauté bactérienne et des cycles de l'azote des sols sous serre biologique et conventionnelle a été réalisée sur 30 sites, couvrant sept types de sols avec quatre à dix-huit ans d'histoire de l'agriculture biologique. Les communautés de bactéries totales, diazotrophes et oxydant l'ammoniaque ont été étudiées avec un séquençage à haut débit des gènes ARNr 16S, nifH et amoA, respectivement. L'agriculture biologique en serre n'a pas influencé la diversité alpha. Les diversités bêta parmi les bactéries totales (26/30) et diazotrophes (17/19) différaient entre les systèmes d'élevage, mais les différences de composition des bactéries oxydant l'ammoniac entre les deux systèmes d'élevage n'ont été détectées que sur 6 sites. Bien que les effets du système agricole sur la plupart des genres bactériens aient varié selon les sites, l'agriculture biologique en serre a été sélectionnée de manière persistante pour quelques genres, peut-être pour la biodégradation du carbone organique à haut poids moléculaire (Hyphomicrobium, Rubinisphaera, Aciditerrimonas, Planifilum, Phaselicystis, Ohtaekwangia) , mais contre les genres bactériens putatifs d'ammoniac oxydant (Nitrosospira, Nitrosopumilus) et diazotrophes (Bradyrhizobium), comme déterminé par l'analyse de l'ARNr 16S. Les bactéries diazotrophes affiliées au cluster nifH 1J étaient préférentiellement associées à l'agriculture biologique en serre, contrairement à Paenibacillus borealis. En résumé, cette étude fournit un aperçu des effets complexes de l'agriculture biologique en serre sur les communautés bactériennes totales, diazotrophes et oxydantes d'ammoniac dans différents contextes environnementaux.

Organic greenhouse farming is an innovative system that may maintain a high yield and healthy agroecosystem. There have been no rigorous studies on the comparison of total and nitrogen-cycling bacterial community in vegetable soils between organic and conventional farming management at large scale. A survey of bacterial community and nitrogen cycles from soils under organic and conventional greenhouse farming was performed at 30 sites, covering seven soil types with four to eighteen years of organic farming history. Communities of the total, diazotrophs and ammonia-oxidizing bacteria were studied with high-throughput sequencing of the 16S rRNA, nifH and amoA genes, respectively. Organic greenhouse farming did not influence alpha diversities. Beta diversities among the total (26/30) and diazotrophic (17/19) bacteria differed between farming systems, but compositional differences in ammonia-oxidizing bacteria between the two farming systems were only detected at 6 sites. Despite the effects of farming system on most bacterial genera were varied across different sites, organic greenhouse farming persistently selected for a few genera, possibly for the biodegradation of organic carbon with high molecular weight (Hyphomicrobium, Rubinisphaera, Aciditerrimonas, Planifilum, Phaselicystis, Ohtaekwangia), but against putative ammonia oxidizing (Nitrosospira, Nitrosopumilus) and diazotrophic (Bradyrhizobium) bacterial genera, as determined by 16S rRNA analysis. Diazotrophic bacteria affiliated with nifH cluster 1J were preferentially associated with organic greenhouse farming, in contrast to Paenibacillus borealis. In summary, this study provides insights into the complex effects of organic greenhouse farming on the total, diazotrophic and ammonia oxidizing bacterial communities across different environmental context.

None

• AB - Modalité bio
• FREDO biologie et travail du sol
• bacteria
• comparaison
• serre

• ammonia-oxidizing bacteria
• diazotrophs
• high-throughput sequencing
• organic greenhouse farming

Frontiers in Microbiology

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2020

1 janvier 2020

10.3389/fmicb.2020.01861 Le DOI est une URL unique de référencement d'une publication. Il est donc plus fiable et permanent qu'une URL classique

1664-302X L’ISSN est un code de 8 chiffres servant à identifier les journaux, revues, magazines, périodiques de toute nature et sur tous supports, papier comme électronique.